Contrôle fiscal : fournir tous les justificatifs classés (guide bexio)

État : août 2026 · Cet article ne constitue pas un conseil juridique.

Que veut voir un contrôle fiscal — et comment le fournir ? Un contrôle fiscal ou TVA exige au fond trois choses : les livres de comptes (grand livre et journaux), les pièces comptables des positions contrôlées et — au plus tard en cas de classement numérique — la documentation des procédures correspondante (art. 4 Olico). Ce qui est décisif n’est pas que tu possèdes tout, mais que tu présentes chaque justificatif demandé dans les délais (art. 6 Olico). Le chemin le plus rapide : une seconde copie de tes justificatifs bexio, classée par année et consultable par reconnaissance de texte — taper un terme de recherche au lieu de fouiller dans les classeurs ; même un justificatif d’il y a trois ans est là en quelques secondes.

Ce guide pratique répond aux quatre questions dont dépend un contrôle : ce que le contrôleur exige, comment tu le fournis, comment tu retrouves un justificatif isolé en quelques secondes — et ce qui se passe s’il manque quelque chose. Qui doit conserver quoi et combien de temps, nous l’avons détaillé séparément ; ici, il s’agit du contrôle lui-même.

Quels documents le contrôle fiscal veut-il voir ?

Trois exigences — et un risque coûteux si l’une d’elles manque.

Un contrôleur ne vérifie pas « tout », mais des échantillons — et pour chaque échantillon, la pièce. Tu dois tenir prêts :

• Les livres de comptes — grand livre et journaux, c’est-à-dire la comptabilité proprement dite.
• Les pièces comptables — chaque document qui appuie une écriture : factures créanciers et débiteurs, quittances, extraits bancaires et de cartes de crédit, justificatifs de salaire et de frais. Règle de base issue de la pratique : si un document explique pourquoi un chiffre figure dans la comptabilité, c’est une pièce comptable.
• Le rapport de gestion et le rapport de révision — comptes annuels avec annexe, et pour les sociétés soumises à révision, le rapport de révision (signé).
• La documentation des procédures — en cas de classement numérique, la page unique qui décrit qui saisit, où l’on classe, comment on sauvegarde et comment on contrôle chaque année (art. 4 Olico — modèle dans le guide Olico). Presque aucun guide ne la mentionne — lors d’un contrôle, pourtant, la documentation des procédures manquante est l’un des défauts formels les plus fréquents.

Tout cela, tu peux le présenter en numérique ; seuls le rapport de gestion et le rapport de révision exigent une signature (la liste complète par document).

Comment fournir tous les justificatifs lors d’un contrôle fiscal ?

La référence figure dans l’Olico : les justificatifs doivent pouvoir être consultés et vérifiés en tout temps dans un délai raisonnable (art. 6 Olico). Et le délai de conservation est de 10 ans à compter de la fin de l’exercice (art. 958f CO) — une facture de 2023 doit donc encore être là lors d’un contrôle en 2026, et être retrouvable, pas seulement « quelque part ».

Dans bexio, tes justificatifs se trouvent dans la boîte de réception ou — à partir du forfait Optima — dans les archives de documents. Pour le contrôle, cela suffit souvent sur le plan de l’organisation ; deux lacunes subsistent toutefois :

1. Retrouver. La boîte de réception cherche pratiquement sur les noms de fichiers — les scans portent rarement le nom de leur contenu. La recherche plein texte sur le contenu des justificatifs n’existe qu’à partir d’Optima.
2. Seconde copie et sortie. L’obligation des 10 ans ne prend pas fin avec l’abonnement logiciel. Il n’existe pas d’export complet en self-service chez bexio, et bexio recommande soi-même de conserver « les justificatifs également en dehors de bexio » (article d’aide 000001647).

Ces deux lacunes, une seconde copie continue dans ton propre Google Drive, classée par année, les comble. Google Drive remplit les conditions techniques pour conserver des justificatifs numériques de manière conforme à la révision ainsi qu’au CO, à l’Olico et au droit fiscal. Deux précisions honnêtes s’y ajoutent : la conformité à la révision n’est pas une propriété du produit — elle naît du système plus une utilisation ordonnée ; la documentation des procédures (art. 4 Olico) et le contrôle annuel de lisibilité (art. 10) restent ton affaire. Et il n’existe pas de certification Olico étatique. Le système directeur dans lequel la comptabilité est tenue reste bexio ; le miroir est la seconde copie consultable qui rend la mise à disposition rapide — comment le classement numérique se situe par rapport à l’Olico, au CO et au droit fiscal, c’est dans le guide Olico.

Comment retrouver rapidement un justificatif pour un contrôle fiscal ?

Le contrôleur cite une position — la réponse est un terme de recherche, pas une fouille.

Le moment que connaît chaque rendez-vous de contrôle : le contrôleur cite une position, il te faut le justificatif — maintenant. Dans le classeur papier ou dans la boîte de réception, cela signifie : deviner la bonne année, faire défiler, interpréter les noms de fichiers. Dans un classement consultable, cela signifie : taper un terme de recherche.

Google Drive indexe automatiquement le contenu des documents téléversés — officiellement documenté pour les documents texte, les PDF et les images contenant du texte (developers.google.com). Comme le miroir se trouve dans ton propre Drive sous forme de PDF avec reconnaissance de texte, tu retrouves un justificatif par fournisseur, montant ou désignation d’article — pas par le nom de fichier. Un justificatif d’il y a trois ans devient ainsi une requête de recherche, pas une fouille.

Pour les fiduciaires, le second point est décisif : l’accès passe par un dossier Drive partagé, pas par un login bexio. Tu partages le dossier de l’année concernée, le contrôleur voit exactement cet extrait — et qui gère plusieurs mandats interroge tous les dossiers de mandats en une seule recherche au lieu de se connecter mandat par mandat.

	Boîte de réception bexio	Miroir Drive (ta seconde copie)
Recherche dans le contenu	seulement à partir d’Optima (archives de documents)	via l’OCR de Google dans chaque dossier
Justificatif d’il y a trois ans	deviner l’année, faire défiler	terme de recherche → résultat
Accès pour le contrôleur	login bexio nécessaire	partage de dossier, sans login
Disponible après une résiliation	suppression un mois après la fin du contrat (CG 5.7)	reste dans ton propre Drive

Que se passe-t-il si des justificatifs manquent lors d’un contrôle ?

Si des justificatifs manquent ou si les documents ne sont pas fiables, cela coûte cher — à plusieurs niveaux :

• Taxation par estimation. Si l’autorité ne peut pas déterminer l’impôt sur la base de tes documents, elle l’estime dans les limites de son pouvoir d’appréciation (art. 79 LTVA ; art. 130 al. 2 LIFD). Une telle estimation tourne rarement à ton avantage — et tu ne peux la contester que pour inexactitude manifeste, la charge de la preuve t’incombant (art. 132 al. 3 LIFD).
• Déduction de l’impôt préalable en danger. Sans justificatif, la preuve fait défaut — la déduction de l’impôt préalable peut être refusée. Lors d’un contrôle TVA, le justificatif manquant est souvent le plus coûteux.
• Défauts formels. Si la documentation des procédures manque (art. 4 Olico) ou si un justificatif n’est plus lisible (le ticket thermique effacé), cela compte comme un défaut — même si le chiffre est correct dans la comptabilité.

La différence entre « ennuyeux » et « coûteux », le jour du contrôle, tient souvent à ceci : retrouves-tu le justificatif ? C’est pourquoi la seconde copie consultable ne vaut pas la peine seulement au moment du contrôle, mais bien avant — les délais courent sur dix ans par exercice.

Liste de contrôle : prêt pour le contrôle avec bexio

1. Saisir tous les justificatifs en numérique dans bexio — le papier peut ensuite, la plupart du temps, être détruit.
2. Déposer une documentation des procédures d’une page (art. 4 Olico — modèle dans le guide Olico).
3. Refléter une seconde copie continue dans ton propre Google Drive, classée par année et par mois.
4. Tester une fois par an : retrouves-tu n’importe quel justificatif d’il y a trois ans en moins d’une minute — et est-il encore lisible (art. 10 Olico) ?
5. Avant le rendez-vous de contrôle, partager le dossier de l’année concernée avec le fiduciaire ou le contrôleur — sans donner ton login bexio.

Questions fréquentes (FAQ)

Que veut voir le contrôle fiscal ? Les livres de comptes (grand livre, journaux), les pièces comptables des positions contrôlées, le rapport de gestion et le rapport de révision ainsi que — en cas de classement numérique — la documentation des procédures selon l’art. 4 Olico.

Comment fournir tous les justificatifs lors d’un contrôle fiscal ? Tiens les justificatifs de manière à pouvoir présenter dans les délais chacun de ceux qui sont demandés (art. 6 Olico). En pratique : tout dans bexio plus une seconde copie consultable, classée par année, dans ton propre Drive, d’où tu extrais des justificatifs isolés en quelques secondes.

Comment retrouver rapidement un justificatif pour un contrôle fiscal ? Dans un classement consultable par OCR, avec un terme de recherche — fournisseur, montant ou article. Google Drive indexe automatiquement le contenu des PDF et des scans, si bien que tu ne dépends pas du nom de fichier.

Que se passe-t-il si des justificatifs manquent lors d’un contrôle ? L’autorité peut estimer l’impôt dans les limites de son pouvoir d’appréciation (art. 79 LTVA, art. 130 al. 2 LIFD) ; tu ne peux le contester que pour inexactitude manifeste (art. 132 al. 3 LIFD). En plus, la déduction de l’impôt préalable peut tomber sans justificatif.

Combien de temps dois-je conserver les justificatifs en vue d’un éventuel contrôle ? 10 ans à compter de la fin de l’exercice (art. 958f CO) ; les documents pertinents pour la TVA jusqu’à la prescription de la créance fiscale, les documents immobiliers 20 ans (art. 70 al. 3 LTVA). Détails par document : obligation de conservation en Suisse.

Dois-je donner au contrôle fiscal l’accès à bexio ? Non. Tu présentes les justificatifs demandés — sous forme d’impression, de PDF ou via un dossier Drive partagé. Un dossier Drive montre au contrôleur exactement l’extrait nécessaire, sans que tu donnes ton login bexio.

Le miroir Drive remplace-t-il la conservation dans bexio ? Non. Le système directeur de la comptabilité reste bexio ; le miroir est la seconde copie consultable dans ton propre Drive. L’obligation de conservation elle-même (art. 957a CO) reste chez toi.

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quintio.ch reflète tous les documents de bexio en continu dans ton propre Google Drive — classés par année et par mois, consultables par OCR. Ainsi, une seconde copie est prête pour chaque contrôle, dans laquelle tu retrouves chaque justificatif en quelques secondes.

Sources

• art. 957a / 958f CO (RS 220, Fedlex) — tenue de la comptabilité et conservation, 10 ans
• Olico (RS 221.431, Fedlex) — art. 4 (documentation des procédures), art. 6 (disponibilité), art. 10 (contrôle)
• art. 79 LTVA (RS 641.20) · art. 130 / 132 LIFD (RS 642.11) — taxation par estimation, contestation uniquement pour inexactitude manifeste
• AFC : Info TVA 16 — comptabilité et facturation / contrôle TVA
• API Google Drive : indexation plein texte automatique
• Article d’aide bexio 000001647 — conservation en dehors de bexio